本病的临床症状多出现在7-11日龄的健康乳猪中，有报道说猪等孢球虫引起了5-6周龄断奶仔猪的腹泻，腹泻出现在断奶后4-7天时，发病率很高(80-90)，但死亡率都极低。腹泻是本病主要的临床症状，粪便呈黄色到灰色。开始时粪便松软沿肛门下流或呈糊状，随着病情加重粪便呈液状。仔猪粘满液状粪便，使其看起来很潮湿，并且会发出腐败乳汁样的酸臭味。
一般情况下，仔猪会继续吃奶，但被毛粗乱，脱水，消瘦，增重缓慢。不同窝的仔猪症状的严重程度往往不同，即使同窝仔猪不同个体受影响的程度也不尽相同。本病发病率通常很高，但死亡率一般较低。
2、仔猪黄痢
临床症状最急性的，看不到明显症状，于生后10多小时突然死亡，呈急性败血症死亡。生后2-3天以上发病的仔猪，病程稍长，排黄色或黄白色稀粪，有特殊的腥臭味，含有凝乳小片，肛门松弛，捕捉时从肛门冒出稀粪。病猪精神不振，不吃奶，很快消瘦、脱水，最后衰竭而死。