犊牛腹泻发生后，应及时查明病因，对症治疗。对疑似感染细菌和病毒的犊牛进行隔离，寄生虫感染的犊牛及时驱虫。对于病因不清的急性腹泻，首先应使犊牛禁止哺乳24小时以上，特别是过食性腹泻停奶后效果显著。加强饲养管理，注意饲料配比，调节胃肠平衡。注意气候变化，减少应激，保持圈舍通风、干净、干燥，杜绝霉变饲料可减少腹泻发生。产前母牛免疫、保持犊牛圈舍干燥温暖、尽早让犊牛吃上初乳、出生当天服用新鲜温水并从第三天加入口服补液盐、调理肠道菌群等措施有助于预防腹泻。
坚持预防为主，切实把好防疫关，注意饮食和环境卫生是首要条件。养殖牛只应做好通风管理措施，并做好牛舍、器具消毒工作，发现病牛要及时隔离治疗。牛犊出生后喂以初乳，提高其抗病能力。对于母牛，要注意乳房病，泌乳的乳房要清洗干净，从犊牛第一次哺乳开始添加抗生素至第3天，以降低犊牛腹泻的发病率。一旦牛发病，要及时隔离治疗，做好圈舍内外环境消毒，及时清除粪便和污染物并无害化处理，防止交叉感染。平时注意饲养管理，禁用霉变饲料，注意胃肠道菌群失调，冬季饮用水要加温，母牛腹泻停止哺乳犊牛。
预防犊牛腹泻的措施包括：加强妊娠母牛和犊牛的饲养管理，保持牛舍干燥和清洁卫生。保持牛舍干净卫生，怀大牛出生后应在6～12小时饲喂母乳，提供免疫力，并且在出生后3天内都提供母乳喂养，以促进牛消化系统的成熟。适当增加代乳粉含量，减少母乳，最后以饲料代替，减少应激反应。