种蛋只有保存在适宜的温度条件下,才不致影响种蛋的品质而宜于孵化。当然,也应做好防鼠、防蚊、防蝇的工作，保持合适的温度，鸡胚胎发育的临界温度为23.9℃,在18.3℃时发育完全静止。鸡蛋白的冰点为0.5℃,在这种温度下,鸡胚胎会死亡。所以,保存种蛋环境温度既不能超过胚胎发育临界温度。
1、消毒。种蛋进入储存室前应及时消毒，并对接触种蛋的蛋箱、蛋架等消毒。消毒可用福尔马林和高猛酸钾熏蒸是最好的。储存前不能用水洗刷种蛋，否则会导致蛋壳上的胶质膜破坏，降低种蛋品质。2、温度。种蛋保存的适宜温度为12℃～15℃，相对湿度为70～80%。储存室的隔热性能要好，室内温度不能过高或过低，若高于24℃，胚胎便开始发育。保持适宜的湿度，即可降低蛋内水分的蒸发，又可防止霉菌滋生。3、保存。种蛋保存期间，应将大头朝下放置，使蛋黄位于蛋的中心，最好3～5天。种蛋保存1周以内可不翻蛋，若保存时间1周以上时，每天应翻蛋1～2次，最长保存不能超过两周。
除上述方法外还要注意放置角度、还要经常翻蛋。
种蛋保存期间，应将大头朝下放置，使蛋黄位于蛋的中心，最好3~5天。