微生物菌肥不可单独使用，一般适宜于与有机肥混合使用。
1、微生物肥料忌与化肥、农药、杀虫剂等的合用、混用。2、与所使用地区的土壤、环境条件相适宜。微生物菌肥在土壤持水量30%以上、土温度在10～40℃、pH在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。但是，不同微生物具不同的生态适应能力，因而微生物肥料在推广使用前，要进行科学的田间试验，以确定其肥效。3、对温度、水分有一定要求。
